以有機肥為主，化學肥料為輔。早施、重施基肥，適時適量追肥，加強葉面噴肥。提倡以蘋果營養診斷(葉分析和土壤分析等)結果為指導進行配方施肥，不斷提高土壤肥力，增加土壤微生物活性。
深圳農產品配送要求所施用的肥料不應對果園環境和果實品質產生不良影響。
允許使用的肥料種類：
一、農家肥料
包括廄廁肥、沼氣肥、綠肥、作物秸稈肥、泥肥、餅肥等。除沼氣肥、綠肥外，其他肥要堆漚腐熟后使用，有害元素含量不得超標。
二、商品肥料
包括有機復混肥、腐殖酸類肥、微生物肥、無機礦質肥、葉面肥等經農業部門登記允許使用的肥料。
三、其他肥料
不含有害物質的食品、魚渣、牛羊毛廢料、氨基酸殘渣、骨膠廢渣、家禽家畜加工廢料、糖醚廠廢料等有機物料制成的經農業部門登記允許使用的肥料。
四、禁止使用的肥料種類
未經無害化處理的城市垃圾或含有金屬、橡膠、塑料等有害物質的垃圾；硝態氮肥和未經腐熟的人糞尿；國家明文禁止使用的肥料和未獲準登記的肥料產品。
